Cernoy, sous l'Ancien Régime, n'était pas une paroisse mais était rattachée à la commune de Noroy. Son église est dévastée durant les guerres du XVème siècle et le logement du vicaire transformé en écurie. Il aurait existé au XIIème siècle un couvent dénommé Sainte-Croix. Trois-Étots est une ancienne seigneurie qui appartenait au XIVème siècle à la maison de Villers-Saint-Paul, alors l'une des plus importantes du Beauvaisis.
Notre commune s'est successivement appelée Sarnoy en 1222, Sernoy en 1230, Cervoy en 1547 puis Cernoi en 1555. "La seignerie de Cernoy appartenait au XVIIème siècle à la maison italienne de Doria.
Le Hameau Trois-Etots s'est quant à lui successivement appelé Trois Estos en 1198, Trois-Estocs vers 1340 et Trois Etaux en 1550. Ce lieu formait une commune distincte de Cernoy jusqu'en 1826.
De 1826 à 1835 Cernoy et Trois-Etots ont été rattachés à Noroy puis ont acquis leur indépendance sous la forme de la commune de Cernoy et son hameau de Trois Etots à partir de 1835
Cernoy possédait au début du XIXème siècle une fontaine publique, une sablonnière, et quelques parcelles de friche sur le territoire de Trois Etots. La population était alors essentiellement constituée d'agriculteurs, de bûcherons et des charretiers. On extrayait alors des pierres dans les friches communales et il existait une activité liée à la couture des gants.
Source : Louis Graves, Précis statistique sur le canton de Saint-Just-en-Chaussée, arrondissement de Clermont (Oise),
Beauvais, Achille Desjardins, 1835 p. 49-51.